對於ERP的抱怨，除了來自於使用者介面不友善(user-friendly)、要嘛缺乏彈性無法達到使用者需求、要嘛功能過於強大繁瑣而對使用者造成過多負擔等的基本軟體問題外，更大的問題來自於組織運作流程本身，以及對於系統的不當期望。
簡而言之，ERP本身其實就單純是將企業流程自動化的軟體系統，並無太大學問，ERP裡真正必須探討的反而是企業流程制訂的適切與否以及有效率與否。對作業流程制訂與ERP同步導入的新企業而言，會遭遇到的問題多是系統功能與介面上的軟體問題，組織流程運作的本質性問題反而不多。但對新導入ERP的舊企業，甚至是已有ERP而轉換成新系統的企業而言，作業流程所衍伸出的相關問題反而成了極大阻礙，也往往是造成ERP導入失敗的關鍵因素。
如前所述，ERP其實就是作業流程自動化系統，當ERP無法配合既有流程進行修正，或既有流程無法與ERP流程妥協時，早已熟悉既有作業流程的相關單位作業者反彈聲音自然隨勢而起。更糟糕的狀況甚至在長久累積下來存有商榷必要的不適切流程未進行分析與合理化之前，便將ERP系統強制套入，常見的結果是既有複雜流程表單未被簡化的情況下，更加諸視為增加工作量的系統作業，自然怨聲四起，最後使ERP成了單純財務為結帳而魚肉百姓的無效益工具，更遑論ERP裡原本就難以落實的生產排程與物料規劃。因此，導入ERP的同時，更重要的是既有流程的分析與合理化，以使作業流程與ERP流程整合內化成可運作的企業流程。
至於對系統的不當期待，同樣來自於作業流程的不熟悉。總認為流程的基本面不用定義清楚，只要導入系統後原有流程的問題便會迎刃而解，總認為系統是個神奇的「黑盒子」，不用告訴系統需要什麼和做什麼，系統便能夠神奇產生心中所想的東西。回到系統定義本身，任何系統說穿了都只是將原本由「人」做的工作自動化與規則化，若無法對系統的期望明確釐清，以及對系統的運作模式進行瞭解，只會導致最後的失敗。
也許，大部分情況下ERP並不好用，但造成那種不好用的，大部分情況下卻是使用者本身所造成。
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